胚胎停止发育的原因主要是胚胎自身发生了染色体突变的可能，这个因素占到胚胎停止发育的50~60％。这属于几率问题，并不是备孕或者是早孕期做什么就能够改变的。
也有一些胚胎停止发育的患者，可以通过检查寻找到其他的原因，有其他的疾病问题导致。有的可以通过做治疗，尽量预防以后再次发生不良妊娠的问题。
比如有的胚胎停止发育和子宫腔结构有关，也有的是和孕妇黄体功能不良，或者是有各种病毒感染有关。也有的会是因为血糖高，或者是存在血栓前状态，或者免疫功能异常等问题。