治疗慢性萎缩性胃炎，要根据症状以及病因来确定治疗方案。
首先，如果经检查是由于幽门螺杆菌感染，导致的慢性萎缩性胃炎应去除其致病因素，可使用四联疗法对因治疗。
其次，要根据患者的症状进行针对性治疗，如果无临床症状，在去除致病因素之后定期随访，可暂时不服用药物。如果患者为中度萎缩性胃炎，同时伴有腹痛等症状，需去除病因后服用促胃动力药，同时配合服用保护胃黏膜的药物治疗。而针对重度患者，治疗之后还需定期胃镜加病理检查。