三岁宝宝嘴巴里面起泡，处理起来是需要检查明确病因的，根据检查结果针对病因进行治疗。
可能是细菌感染，可能是病毒感染，也可能是上火引起的。如果是细菌感染，可以口服庆大霉素颗粒治疗。如果是病毒感染，可以口服双黄连或蒲地蓝口服液或者清开灵对抗病毒，并且补充一些复合维生素B和维生素C。如果是上火引起的，可以服用一些二丁颗粒，西瓜霜喷剂喷在口腔，综合调理治疗见效还是比较快的。
另外，在日常生活中要多喝温开水，多吃蔬菜水果，补充人体所需的各种维生素，适当锻炼身体可加强抵抗力。