目前流行性甲型脑炎尚无有效的治疗方法。
在疾病的早期，往往需要以重症监护为主要对症治疗，精心护理和维护身体功能，随着病情的稳定，除了维持机体功能外，还应依靠物理疗法、言语功能矫正疗法、营养支持疗法来改善机体功能，此外，心理治疗和情感治疗也很重要。
最新的研究方向是利用细胞技术，即利用细胞修复受损脑细胞或替代死亡脑细胞，这将在不久的将来用于临床治疗，大约30%的患者完全康复，30%的患者成为慢性病并有后遗症，死亡率为30%。