大肠癌的发生有一部分会与遗传因素有关，有一种遗传性疾病叫做家族性结肠息肉综合征，这种遗传性疾病的大肠息肉非常容易出现癌变的现象。此外，家族遗传性非息肉性大肠癌也是一种常染色体显性遗传病，有家族聚集的倾向。
对大肠癌患者的家系调查表明，在这个家系中，大肠癌的患病率要高于正常的人群，这样的研究结果也提示了遗传因素与大肠癌具有密切的关系。
大肠癌可能会存在着一些基因的变异，这些基因的变异可以是先天性的，也可以是由于环境和各种诱发因素的影响引起的基因突变。