食管囊肿也可以进行活检。食管囊肿在进行活检后，可以明确性质，决定下一步治疗方法。
一般食管囊肿可以通过食管X线钡餐造影、食管CT、磁共振、内镜等检查项目进行确诊。而且内镜检查是目前最为重要的检查方式，通过内镜检查可以更清楚地观察到食管黏膜情况，也可以通过内镜进行取组织活检。
如果活检显示为良性，而且食管囊肿比较小，患者无明显症状出现，可以不进行特殊治疗。如果囊肿比较大或者是显示有恶性病变时可以进行手术。