婴儿的肛周脓肿也不会自愈，需要及时的去医院治疗。
由于婴儿本身免疫力低下，所以一旦出现肛周脓肿，很可能会感染加重，造成一些严重的感染症状，而且婴儿肛周脓肿一般早期就容易引发发热等全身症状，所以应该早期将肛周脓肿切开，并且保证脓腔内的脓液引流通畅。
但婴儿肛周脓肿一般不主张行肛周脓肿一次性根治术，而是首选切开引流。如果形成肛瘘的患者，可以选择在3个月以后行肛瘘根治性手术。