骨盆直肠窝位于直肠下端的两侧，左右各一，下面对应的是坐骨直肠窝间隙，骨盆直肠窝脓肿属于高位脓肿，感染源也是位于肛窦，内口多位于后正中此线处的肛窦，发病后可借道直肠后间隙向对侧蔓延，也可能向下蔓延至坐骨直肠间隙。
由于骨盆直肠窝位置比较高，所以肛门周围的疼痛症状并不显著，主要表现为肛门坠胀不适，频繁的便意感，还会伴有发热等全身症状。肛门指诊是在直肠窝可触及较硬隆起，肛直环瘢痕样病变等等。