甲状腺炎不属于免疫系统疾病。甲状腺炎常见的有急性化脓性甲状腺炎、亚急性甲状腺炎，还有桥本甲状腺炎、无痛性甲状腺炎以及产后甲状腺炎。
桥本甲状腺炎、无痛性甲状腺炎和产后甲状腺炎，这几个属于自身免疫性的甲状腺疾病，所以它们的发病有自身免疫的机制所参与，但是不能理解为它们属于免疫系统疾病。这三种疾病，除了有自身免疫的原因所参与，往往还有遗传因素，还有环境因素的参与，比如高碘饮食、抽烟等等都是这种疾病发病的危险因素。
亚急性甲状腺炎是属于病毒感染所导致的甲状腺炎，急性化脓性的甲状腺炎是属于全身性的脓毒血症在甲状腺的一种局部表现。