卵巢巧克力囊肿能否怀孕，需要根据具体情况来对待。如果囊肿比较小，可以暂时先观察，并建议尽快的怀孕，因为怀孕本身对卵巢巧克力囊肿会有一定的治疗作用。
囊肿小于4厘米的情况下可以通过观察，在医生的指导下怀孕。怀孕以后子宫内膜不脱落，卵巢囊肿就会慢慢的萎缩掉。但是如果囊肿过大，应该先治疗囊肿，再考虑怀孕，以免对胎儿和孕妇造成危险。
严重的卵巢巧克力囊肿是会导致不孕的，即便是已经怀上了宝宝，也有可能会造成流产或早产的问题发生，所以一定要早发现早治疗。