基质性角膜炎可以导致角膜混浊，角膜新生血管。比较轻的角膜浑浊，可以完全消退。严重病例，角膜浑浊是持续存在的。可以发生角膜变薄，甚至角膜膨隆，产生不规则散光，极度影响视力。
另一个常见的并发症就是虹膜睫状体炎。轻者虹膜充血、角膜内皮水肿，有角膜内皮后沉着物，后弹力层皱褶。严重者，虹膜后粘连，瞳孔膜闭或闭锁 ，最终可以导致眼球萎缩。眼压一般降低，在病程的晚期，眼压可能增高而发生继发性青光，引起角膜膨隆。有些患者可能并发周边性脉络膜炎等等。