亚临床甲减多由甲状腺受损导致，所以很多可以损伤甲状腺疾病以及药物损伤等均可引起该疾病。
如果是因为自身免疫损伤，像自身免疫性甲状腺炎导致的亚临床甲减，很多会进展为临床的甲减；
那如果是碘过量引起的潜在性甲状腺疾病而导致的亚临床甲减，只需要把引起碘过量的诱因去除，那亚临床甲减即可自愈；
如果是因为抗甲状腺药物，如锂盐、硫脲类、咪唑类等药物导致的甲状腺损伤引起的亚临床甲减，那可以减少抗甲状腺药物的剂量或者停用，从而使亚临床甲减即可自愈；
还有些像亚急性甲状腺炎，破坏甲状腺细胞后的恢复期也会有亚临床型甲减，随着病程的进展，等亚急性甲状腺炎治愈后，亚临床甲减治即可自愈。