曲菌病是否有危险主要取决于感染的程度。曲菌病的表现形式不一，其中以肺曲菌病较为多见。轻度的肺曲菌病患者一般预后良好、亦无危险。通过早期抗曲霉菌的治疗，患者预后多良好。
但对于严重肺曲霉菌病患者，此时其病情严重有一定的危险，特别是此类严重患者可出现大咯血风险。此外，严重肺曲霉菌病有可能会导致肺组织的破坏、肺局部纤维化、严重支气管扩张等并发症，进而影响患者的肺功能，部分患者甚至出现呼吸衰竭，患者亦有危险。
对于严重曲菌病患者，特别是免疫功能低下的患者，有可能发生全身性曲霉菌病。此时患者病情更加危重，有可能会继发曲霉菌的脓毒血症、中枢神经系统感染等，此类患者预后不良。