临床上做肠镜检查一般选择全麻，通过静脉注射丙泊酚来进行麻醉。虽然麻醉药会对人体产生一些不良反应，但是只要麻醉药的剂量比较合理，往往不会有太大的影响，等到麻醉药的药效一过，一般不会留下后遗症。
不过，在大部分情况下，肠镜都不需要麻醉，所以不需要使用麻醉药物，比如普通肠镜，只需要先做好肠道准备，就可以做肠镜检查。一般需要服用泻药，等到患者排出的大便没有粪渣，且为比较清亮的液体时就能做肠镜检查。
如果通过肠镜检查发现肠道有问题，需要积极治疗，必要时需要进行病理检查。