附件囊肿是会影响月经的。因为附件囊肿在临床中是指卵巢或输卵管囊肿，当附件囊肿发生在卵巢时就叫卵巢囊肿。而女性卵巢是分泌雌激素和孕激素的，当发生卵巢囊肿时，就会导致分泌激素水平不稳定，卵泡不能如期发育，长大自然会影响月经情况。
如果附件囊肿发生在输卵管部位就叫输卵管囊肿。临床中出现输卵管囊肿，多是由于盆腔慢性炎症导致的，当盆腔慢性炎症对卵巢细胞造成某些损害时，也就会月经产生异常。
所以，不管是卵巢囊肿还是输卵管囊肿，都应该及时给予消炎类药物或是盆腔理疗的方式进行治疗。