一般临床上症状都比较轻微，局部仅有不适和隐隐作痛。多数患者常常因为外伤性的骨折以后，才得以发现。
发生于特殊部位的骨囊肿，例如颈椎骨囊肿，可以出现神经脊髓刺激症状而就诊。这些神经刺激症状包括上肢的麻木、疼痛、活动障碍。X线主要表现为透亮度增加、膨胀程度较轻、囊壁光滑、边界清楚。
由于骨囊肿会出现在骨头里面占位性的生长，所以可以导致骨头的脆性增加，比较容易发生病理性骨折。这种骨折会出现疼痛、肿胀以及活动的障碍。如果这些囊肿出现在椎体上，可能由于外因的作用，容易引起脊柱的压缩性骨折，而出现腰背部的疼痛症状。