大便后肛门不舒服，有可能是肛管或直肠疾病引起的，但也不能完全排除饮食结构不合理所致。
肛门周围的神经分布比较丰富，很多疾病或者刺激都可以引起肛门的不适感。如果排大便后感觉肛门不舒服，有可能是痔疮或者肛裂等常见的肛管疾病引起的，常可以引起肛门疼痛以及大便带血等症状。患有肛窦炎时，排便后会有肛门烧灼痛以及坠胀不适等感觉，患有直肠息肉或者是肠道恶性肿瘤时，可以引起腹痛、腹胀以及肛门坠痛。
当大便干燥时，会引起肛门疼痛，而进食辛辣刺激性的食物过多时，会因为辣椒素的刺激引起肛门烧灼痛等不适感。