肛门里面不舒服，会由一些疾病引起，常见于肛乳头肥大。肛乳头在肛门内因粪便及炎症刺激而增生肥大，自觉肛门里面有异物感和排便不尽感，肛门有坠胀。有时刺激肛窦，使肛腺分泌增加，引起肛门潮湿和瘙痒。
肛窦炎也会出现肛门里面不舒服。肛窦急性发炎时，会有肛门内烧灼疼痛或刺痛，肛门有坠胀感。排便后疼痛刺激，还会引起肛门括约肌痉挛等肛门不舒服表现。
肛门里内痔有时出现炎症、血栓时，肛裂裂口出现疼痛时，都会引起肛门不适、不舒服。