铜绿假单胞菌感染的病人一般的治疗时间为2周，但是针对特殊部位的感染疗程也会有所不同。
其中酯血症的患者非中性粒细胞减少的病人，治疗的时间为1周，中性粒细胞减少的病人不能只治疗到症状消失，还应该等到不再有中性粒细胞的减少为止。心内膜炎要进行6-8周的治疗，而骨感染和恶性的外耳炎，就因用药的不同，疗程也会有所不同。
一般比如用头孢吡肟或者头孢他定，治疗大概需要6周的时间，口服环丙沙星至少要3个月，穿透性骨髓炎为2-4周，所以根据病情的不同、感染部位的不同，铜绿假单胞菌的治疗时间也会有所不同。