结核菌阳性则可以确诊为结核病。
如患者进行痰结核菌涂片或培养为阳性，是确诊肺结核最特异性的方法。如果患者进行尿液或局部组织结核菌涂片或培养阳性，提示相应部位有结核菌的感染。结核菌涂片多为抗酸染色之后进行镜检，这种方法快速、简便。在我国非结核分枝杆菌属少数，抗酸杆菌阳性，则结核病的诊断基本可以成立。
如果患者未经治疗，可以进行标本的培养，并进行药敏和耐药的检测，敏感性和特异性均高于涂片检查，尤其对于患者涂片阴性或诊断有疑问时培养则更为重要。