原发性胆汁淤积性肝硬化是因为肝胆系统的一系列器官损害、代谢紊乱和功能紊乱，是由多种原因引起的胆汁产生、分泌和排泄障碍，不能通过胆管主动排入肠腔，而淤积在肝内又回流到肝内的血。
胆汁淤积包括胆红素、胆盐等成分的分泌和排泄障碍。病因主要包括遗传、免疫、变性、感染、结石和肿瘤。
该病可累及从两个相邻肝细胞形成的胆管到十二指肠壶腹的整个胆道系统的任何部分。可分为肝内胆汁淤积症和肝外胆汁淤积症。