卵巢囊肿有功能性囊肿、有病理性囊肿，生理性性囊肿一般对怀孕没有影响。对于卵巢囊肿不大，尤其是一侧的，没有明显影响月经的及排卵的，一般对怀孕的影响也不是很大。
但对于卵巢囊肿大的，有明显引起月经异常，甚至引起卵巢功能下降的，就会对怀孕有很大的影响，甚至还可以引起不孕。在卵巢囊肿中，尤其是卵巢的巧克力囊肿，容易引起周围组织粘连、卵巢功能破坏、卵巢的窦卵泡数量明显减少，对怀孕的影响很大，甚至大部分女性需要通过辅助生殖技术才可以达到怀孕。
所以，卵巢的囊肿需要看囊肿的性质、囊肿的大小、一侧还是两侧等，来综合评估怀孕几率的大小。