真性小眼球是患儿在胚胎时期眼球发育畸形导致，其遗传方式有常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传或X连锁隐性遗传3种遗传方式。
具体的遗传方式要结合父母的遗传情况，若母亲为常染色体显性遗传，基因型为Aa，父亲正常aa，下一代患病的概率约为1/2。
若为常染色体隐性遗传，父亲正常，父母亲的基因型分别为aa、AA或者aa、Aa，下一代遗传几率分别为0和1/2。若为性染色体遗传，母亲患病，父亲正常，则生男孩肯定患病，女孩不患病。