慢性疲劳综合症的发生原因，目前医学界主要认为和病毒感染有关，但并没有明确的证据支持，因此发病原因尚不明确，患者在生化检查指标中均正常，但是在免疫检查指标会有变化。
有一部分专家学者认为，和现在的社会复杂生活方式有直接相关性，也成为现代社会文明病，属于心理性综合征候群。
慢性疲劳综合症主要好发于年轻的白领，或者工作压力比较大经常熬夜的人群，可以导致出现身心疲惫、感觉无力、没有精神，也有一部分患者是由于过度紧张、焦虑或者运动不足有关。