大多数情况下，当肝癌病人进行彻底的手术切除治疗之后，甲胎蛋白可以逐渐下降到正常的水平。
对一些小肝癌的病人，可以进行肝叶的切除或者肝段的切除。无论是肝叶切除还是肝段的切除，当将肝癌病灶完全切除之后，病人的甲胎蛋白也就恢复正常了。
如果在手术之后，病人的甲胎蛋白水平仍然处在高水平，首先要考虑是不是手术并没有将肝癌病灶彻底切除。同时，还要考虑是不是有肝内其他的肝癌病灶存在，而导致甲胎蛋白升高的现象。当身体其他的器官发生肝癌转移病灶的时候，甲胎蛋白也会是升高的，应该注意寻找和鉴别。