隐球菌主要通过呼吸道，也可经过皮肤和消化道而感染人体，患者也可以成为带菌者。
人体通常是通过呼吸道，而吸入环境中形成气溶胶的隐球菌孢子，而造成感染。在鸽粪、水果和土壤中，都可以分离出隐球菌。隐球菌也可以出现在健康人的皮肤、黏膜和粪便当中。
一般正常人不会感染隐球菌病，只有存在严重的基础疾病，或免疫异常者才会出现感染，如艾滋病晚期的患者，或者是诸如糖尿病、肾功能衰竭、肝硬化、淋巴瘤、系统性红斑狼疮、器官移植，长期大量使用糖皮质激素和免疫制剂的人群，才会导致发病。人体感染后要经过积极的抗真菌治疗，可以康复。