男性生殖系统结核的危害有很多，首先是对于生殖系统本身的危害，肾结核病情严重者可引起肾脏脓肿、肾积水等。当治疗不当或不及时，可导致慢性肾功能衰竭，病情进一步进展可能会引起尿毒症。
生殖系统结核病患者由于结核菌对膀胱的刺激，可引起尿频、尿急等膀胱刺激症状，影响患者生活质量。疾病晚期可出现膀胱挛缩，导致膀胱容量明显减少，可导致尿失禁的发生。还可引起睾丸、附睾等结核，影响精子质量和数量，可导致不育症的发生。
另外，结核菌还可转移至其它脏器，例如肺结核等，导致胸腔积液的发生，引起呼吸功能衰竭等。