打喷嚏小肚子疼，可能是阑尾炎、胃肠植物神经紊乱、腹部感染性疾病等原因导致。
阑尾炎是由于阑尾管腔受阻，引发感染导致肚子疼痛，在打喷嚏的时候由于腹部压力增高，会出现牵拉性疼痛。胃肠植物神经发生紊乱，也可以导致胃肠平滑肌发生收缩、痉挛，打喷嚏时会加重疼痛的感觉。
腹部有感染性疾病，由于炎症刺激会造成局部组织形成炎症性反应，打喷嚏时会造成腹部压力增高，牵拉到局部组织会导致肚子疼的现象。所以，打喷嚏小肚子疼要根据具体病因，选择进行对症治疗。