大多数治疗用药，都会存在副作用。长期服用胃药是否存在不良反应，根据具体药物应用剂量、时限分析。
1.质子泵抑制剂。是治疗酸相关性疾病的最常用药物，在治疗慢性胃炎、消化性溃疡的常规剂量和疗程，除常见副作用，如腹泻、头晕等一般没有太多长期危害。但如果合并胃食管反流病、巴雷特食管、服用激素、非甾体抗炎药等，需要长期维持治疗时，可能出现的问题有肾功能损伤，由于低钙血症引起老年人骨折发病风险增加，容易合并感染、增加胃肠道恶性肿瘤的发病风险等。
2.胃黏膜保护剂如瑞巴派特。可能会引起肝功能异常和白细胞血小板减少，铋剂、磷酸铝凝胶可以引起便秘。