肠瘘一般是不会自愈的，一定要通过规范化的治疗才可以恢复。
肠瘘又包括小肠瘘和比较大的肠瘘，因此对于小肠瘘主要是以内科药物保守治疗为主，可能开始包括禁食、补液、抗炎、抑酸、肠外营养、维持水电解质平衡等对症支持治疗，并且要使用双导管进行冲洗和引流，很多患者比较小的肠瘘是可以恢复愈合的。
而如果患者的肠瘘比较大并且引起腹膜炎的话，则可能药物保守治疗的效果会比较差，需要再次进行剖腹探查的手术治疗。患者手术以后也需要注意加强抗炎、抑酸、肠外营养、补液、维持水电解质平衡等对症治疗。