隐睾手术后睾丸萎缩是因为手术过程中，睾丸的血供受到影响或者疾病本身造成的。
一方面，在行隐睾手术的过程中，一些动脉，甚至一些血管的损伤，可以使睾丸的供血减少，从而导致睾丸萎缩。
另一方面，本身睾丸长期在体内，而不在阴囊中，温度比较高，睾丸生精细胞和曲精小管大量受到伤害，其体积本身就小，即便将睾丸拉到阴囊中，也会导致睾丸进一步萎缩。
对于完全萎缩的睾丸，对身体没有益处，而且可能引发对侧睾丸功能异常，所以建议切除。