小儿慢性肉芽肿病治愈的可能性很小。因为本病属于一种隐形遗传疾病，而且病情发展迅速，常伴有多脏器受累，病情比较危重。
其中临床表现以皮肤反复感染发作为主，逐渐演变成化脓性皮肤感染灶，伴有局部淋巴结肿大、瘢痕形成等，常累及患儿的肝脏、脾脏、肺脏、肌肉、骨骼、食管以及输尿管等。
小儿慢性肉芽肿病的治疗以抗感染为主，根据细菌培养结果选择对症的药物，要确保足够的用药疗程。药物治疗效果不明显的患儿，建议采取干扰素或者基因治疗等延长患儿生命。