阴茎根部疼痛时可能为局部的炎症感染所致，也可能为外伤所导致。
炎症感染的疾病主要包括包皮龟头炎、前列腺炎、精囊炎等疾病，当有泌尿系感染出现时，除了有阴茎根部疼痛之外，还可能会有尿频、尿急、尿痛等其它症状，有前列腺炎及精囊炎存在时，患者可能在射精之后也会出现疼痛。
当阴茎外伤后，阴茎海绵体受到损伤，可以出现局部水肿或出血，炎性浸润，当阴茎损伤后，应及时治疗，以免引起阴茎白膜下的纤维蛋白沉淀，从而会出现海绵体硬结症，阴茎根部疼痛要具体原因具体对待，及时治疗，以免导致疾病进一步加重。