跑完步脑子疼，多考虑可能是由于平时过度缺乏运动锻炼，突然长距离、长时间跑步，导致机体消耗量过大，耗氧量也明显增加，致使大脑供血、供氧相对不足，就会引起头痛症状。而且突然增加运动量致使大脑神经不能得到放松，也会引起头痛。
也可能是由于空腹跑步所引起。在没有吃饭的情况下，如果饮水量过少会导致机体当中血液黏稠度增加，而且血容量减少，也会导致脑袋疼。
还可能为偏头痛所引起。如果本身存在偏头痛病史，在跑步时由于过度劳累，很可能会引起偏头痛发作，也可出现脑袋疼痛。