真菌性肠炎的检查方法有：
1.血常规检查。在进行检查时会发现白细胞出现增高。
2.标本涂片检查。在进行检查时需要取粪便和肠黏膜进行检查，检查的时候如果有大量的孢子和菌丝存在即可以确诊。在进行大便培养时也会有真菌检测出来。
3.肠镜检查。在进行检查的时候可以观察到肠道内的病变及病变的范围，而且还可以发现肠黏膜处有白色分泌物存在。
4.病理组织学检查。在进行肠镜检查时，也可以取黏膜充血、水肿、糜烂、溃疡等地方进行活检，也是诊断真菌性肠炎的金标准。