粪瘘的主要原因有以下几个：
第一，先天发育异常，在临床上常见先天性肛门闭锁患儿，先天性肛门闭锁的患儿大多数会伴有瘘管的形成，常见的有直肠阴道瘘或者直肠尿道瘘等。
第二，手术以及外伤，手术或者外伤时损伤了直肠阴道隔，导致直肠阴道隔贯通性损伤或者局部组织坏死时，就有可能引发粪瘘。
第三，感染，女性患者出现直肠前位黏膜下脓肿，脓肿破溃后就有可能会引发粪瘘。
第四，其他原因，包括恶性肿瘤、局部放疗等，导致组织坏死时也会引发粪瘘。