多系统萎缩目前尚且没有治愈的方法。患者只能在医生的指导下进行对症、支持治疗，尽量提高患者的生活质量。随着时间的推移，大部分患者的病情会逐步发展，日常的活动也会越发困难。
应积极进行对症治疗，存在体位性低血压的患者，可遵医嘱服用醋酸氟氢进行治疗。合并帕金森综合征的患者，可服用卡比多巴、左旋多巴等药物，利于缓解临床症状。存在排尿功能障碍的患者，可应用曲司氯铵、托特罗定等药物。
此外，也可配合进行按摩、推拿等物理治疗，利于增强患者的肌肉力量，保持患者的运动频率。