灌肠后只要排出的粪便颜色比较清，没有粪渣或者没有成形的粪便，就代表灌肠已经排干净了。
在临床上灌肠可作为治疗手段，例如对于肠道梗阻的患者，可以通过灌肠刺激肠道蠕动缓解梗阻的症状。也可作为一些检查或者手术前的准备工作，对于一些肛门部手术的患者，可以通过灌肠进行手术前肠道准备。一些特殊的检查，例如肛门镜检查或者腹部CT的检查，也需要进行灌肠准备。
如果需要排干净就需要进行清洁灌肠，在临床上一般先使用温肥皂水灌肠，排净肠腔内的成形粪便后，再使用生理盐水进行第二次灌肠。大多清洁灌肠后，排出的液体比较清、不浑浊、没有成形粪便以及粪渣，就代表灌肠比较干净了。