宫颈潴留囊肿，是宫颈转化区生理性改变的结果，而并非炎症，这是由于宫颈鳞状上皮和柱状上皮之间，可以互相转化。
在宫颈转化区鳞状上皮取代柱状上皮过程中，由于新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口或伸入腺管，腺管周围的结缔组织增生，或瘢痕形成压迫腺管使腺管变窄甚至阻塞，导致腺体分泌物流出受阻潴流形成囊肿。
在做妇科检查时，可见宫颈表面突出多个青白色的小囊泡，内含无色粘液，提示此处曾为宫颈原始的鳞柱交界处，一般无需治疗。