新生儿睾丸鞘膜积液和疝气的区别在于发病的机理不同，新生儿睾丸鞘膜积液有时候是生理性的，也就是睾丸鞘膜的壁层分泌液体过多，而脏层吸收液体减少，这时候就容易形成睾丸鞘膜积液。
而新生儿的疝气指的是腹腔与阴囊的鞘膜相通，腹腔的肠管通过疝囊管而掉到阴囊内，而出现阴囊肿胀的情况。
两者做透光试验也有区别，睾丸鞘膜积液做透光试验是阳性的，而新生儿的疝气做透光试验是阴性的，是因为疝囊内有肠管阻挡了光线，它是不透光的，而睾丸鞘膜积液里面是液体能够透光。