膈下脓肿的处理以保守治疗和手术治疗为主。膈下脓肿大多为混合性的细菌感染，保守治疗的方式是使用抗生素进行抗感染治疗，往往需要联合使用抗生素，通过静脉使用抗生素，能够提高抗生素的浓度，有利于抗感染的治疗。
抗生素治疗无效的患者，要进行手术治疗，手术的目的就是切开引流。也可以使用微创的治疗方法，经皮穿刺对脓肿进行引流。
膈下脓肿要积极地进行治疗，否则会导致严重的脓毒血症，危及到患者的生命安全。