大多数结缔组织病是需要应用激素治疗的，只有少部分结缔组织病患者在早期症状比较轻微，没有重要脏器和功能受累，不需要使用激素治疗，所以患有结缔组织病以后，不同的患者根据他的症状、体征以及受累脏器不同，所需要应用的药物也是有很大不同的。
结缔组织病常应用的药物包括非甾体类抗炎药、激素、还有免疫抑制剂，其中非甾体类抗炎药物主要是适用于以关节炎受累以及肌肉酸痛为主的患者。如果患者仅仅是有关节的炎症，没有任何其他脏器功能受累，早期可以只用非甾体类抗炎药物以及羟氯喹治疗，无需加用激素。
而对于出现肺脏、肾脏、血液系统甚至中枢神经系统受累的患者，则需要应用大剂量的糖皮质激素治疗，及时的控制体内的炎症反应，防止脏器功能下降。大部分结缔组织病患者在早期明确诊断以后，及时应用药物治疗，是有一个很好预后的。