阿米巴痢疾在治疗时主要应用甲硝咪唑，还有甲硝磺酰咪唑、吐根碱以及卤化喹啉片、喹啉类以及安特酰胺等药物进行治疗。
阿米巴痢疾是肠道方面的疾病，人体感染了阿米巴原虫后所导致。通过到医院进行检查，会在患者的粪便里面查到阿米巴原虫、原体，会引起患者出现腹痛、腹泻、便血、里急后重感，严重时还会出现肠道的器官性病变。
甲硝咪唑是治疗阿米巴痢疾首选的药物，药物服用后对阿米巴虫的滋养体有比较强的杀灭效果，能用于各种肠道内外的阿米巴痢疾。但是，这种药物在怀孕期间，尤其怀孕前三个月内或者是哺乳期应该避免服用。