对于泌尿生殖系真菌病治疗主要是进行药物治疗，药物首选抗真菌药物。如两性霉素B或者氟康唑以及伊曲康唑进行对症治疗，患者同时可能会存在大剂量使用抗生素以及存在免疫系统能抵抗能力低下的情况。如果患者本身存在肺结核或者hiv感染，也就是艾滋病，或者长期未得到有效控制和治疗的糖尿病，那么需要对原发疾病也进行积极治疗。否则患者抵抗能力、免疫能力低下，容易受到真菌的感染以及患者本身存在大剂量反复使用抗生素，就容易导致二重感染，因此不容易得到彻底治愈。
所以要在进行积极抗真菌治疗的同时控制原发疾病，才有希望将患者真菌感染得到有效的控制。