对于泌尿生殖系真菌病并发症主要有两方面，一是导致霉菌性败血症，二是引起患者不孕不育。因为泌尿生殖系统受到真菌感染，那么会导致肾盂、输尿管、膀胱和尿道以及男性的前列腺、睾丸和附睾、精囊受到真菌的侵袭，会导致患者精子质量下降，生精环境不利于精子的生长发育，从而引起男性生育功能低下以及男性如果存在真菌感染。
那么在性生活时，会导致女性交叉感染，导致妇科疾病的产生。如真菌性阴道炎或者子宫附件炎症，从而影响卵子质量，导致受精卵无法着床，因此会导致患者不孕不育。同时如果真菌感染没有得到良好的控制，那么，一旦进入血液循环系统会导致患者出现霉菌性败血症，严重时会危及患者生命。