反应性关节炎目前没有特异性或很有效的根治治疗方法，主要是对症治疗，缓解患者的关节疼痛、肿胀、活动障碍等症状。
可以口服非甾体类抗炎药，比如布洛芬、塞来昔布等来止痛，消肿的药物有迈之灵、地奥司明等。如果症状比较严重并且长期得不到缓解，可以短期在关节内注射糖皮质激素，以减轻急性的炎症反应，减缓症状。更严重的还可以应用抗风湿类药物和免疫抑制剂，比如柳氮黄吡啶、甲氨蝶呤等。
反应性关节炎虽然是其他部位的感染激发导致，但关节的炎症通常是非化脓性关节炎，也就是不是细菌病毒感染导致。抗生素治疗效果有限，但抗生素可以治疗原发燥的感染，减轻全身性的症状。推荐短期使用抗生素，不要长期使用抗生素。