肛瘘由内口、瘘管及外口三部分构成。其内口位于肛内的肛隐窝处，瘘管走行于肛门直肠周围的软组织间隙内，外口位于肛门周围的皮肤上。
当内口发生感染时，炎症会沿着瘘管向外口扩散，从而导致外口流出脓血样物，甚至是粪便，所以只要内口存在，肛瘘就会反复发作。如果不进行手术，仅是服用药物只能控制肛瘘的感染症状，不能将其彻底治愈。
只有行手术切除肛瘘或行肛瘘切开挂线术，术中找到内口并将其处理好，才能使肛瘘痊愈；术后应多喝水，保持大便通畅。