胆石症可分为胆囊结石和胆管结石，胆管结石又有肝内和肝外胆管结石之分，先天性的胆道狭窄可为诱发因素。
临床上最常见的原因为感染所致，一般为胃肠道细菌的逆行性感染，炎症细胞刺激胆汁，造成胆汁中的结晶成分析出，最终形成结石，部分胆管结石可继发于胆囊结石。
除此之外，任何影响胆固醇与胆汁酸浓度比例改变和造成胆汁淤滞的因素都能导致结石形成。个别地区和种族的居民、女性激素、肥胖、妊娠、高脂肪饮食、长期肠外营养、糖尿病、高脂血症、胃切除或胃肠吻合手术后、回肠末段疾病和回肠切除术后、肝硬化、溶血性贫血等因素都可引起胆囊结石。
在我国西北地区的胆囊结石发病率相对较高，可能与饮食习惯有关。