儿童出现胆结石的原因与成人的并无明显的区别，包括消化道细菌的逆行感染，肝脓肿和胰腺炎等都会导致胆汁成分的改变。
患儿所处的环境，遗传、机体代谢异常、营养状况及饮食习惯等因素都和胆结石的形成密切相关。但是需要格外注意的是，小儿出现胆结石的原因可能与先天性的胆道解剖结构异常有关，比如胆道狭窄，容易造成胆汁淤积，就比较容易形成胆结石。
另外，儿童从小进食油腻食物过多，锻炼时间较少，也是胆结石形成的重要因素。