苯丙酮尿症的并发症主要为癫痫，部分患儿可引起癫痫发作，其中多数患儿表现为痉挛症，通常在出生后的一年半以前出现。
此外病情特别严重的患儿，还可能会出现脑性瘫痪的并发症，致使患儿产生智力障碍、平衡障碍以及肌张力增高等表现。由此可见，苯丙酮尿症有着较为严重的危害。因此针对苯丙酮尿症应重视及早发现、及早确诊、及早进行科学规范化治疗。
目前在临床上主要采用饮食疗法，遵医嘱合理安排患儿的饮食，必要时医生会开具相应的药物进行治疗，尽可能防止对患儿造成神经系统的损害。